Dopo Marius Marin con la Romania e Adam Nagy con l’Ungheria, anche Jan Mlakar si è qualificato con la Slovenia ad Euro 2024.
Il calciatore è stato tra i protagonisti (giocando per 72 minut) della partita contro il Kazakistan, vinta 2-1 dalla Slovenia. Anche in questa occasione Mlakar ha giocato da esterno sinistro in un 4-4-2.